Когда галочку на "Разрешать индексацию по обоим доменам:" ставить не стоит

регистрация доменов домен RU - 99 руб домен РФ - 99 руб

www.

Для новых сайтов без раскрутки без особой индексации и посещаемости настройку "Разрешать индексацию по обоим доменам:" включать совершенно не нужно. Нужно сразу запретить индексацию по старому (исходному) домену. В этом случае ваш сайт будет индексироваться сразу по новому домену.
Так же в случае с новым сайтом, но где уже есть наполнение контентом, после прикрепления домена поставить галочки на настройки:
1. Автоматически перенаправлять со стандартного домена на прикрепленный
2. Использовать имя прикрепленного домена для изображений внутри материалов
Идеальным вариантом было бы провести эти все процедуры по прикреплению нового домена пока сайт находится на карантине. После выхода сайта с карантина поисковые роботы сразу начнут индексацию как положено и без всяких побочных явлений для сайта. В вебмастер Яндекса и Гугла после снятия карантина такой сайт можно добавлять сразу с новым доменом.

Если у вас сайт уже раскрученный с хорошим трафиком посетителей из поисковиков, с хорошей индексацией и с набранным ТИЦ и PR, то прикрепление домена таким способом ( с полным запретом индексации по старому домену и с автоматическим перенаправлением со старого домена на новый) может привести к полной потере трафика из поисковиков, потере ТИЦ и PR на то время пока сайт не проиндесируется по новому домену.
В таких случаях сайт с новым доменом нужно снова добавить в поисковики Яндекс и Google, а так же добавить в вебмастер Гугла и Яндекса сайт с новым адресом и подтвердить права владения, и ждать переиндексации по новому домену.

Если разрешить индексацию по обоим доменам

Разрешение индексации по обоим доменам после прикрепления нового домена может в некотором смысле "сгладить" последствия прикрепления домена для старых раскрученных сайтов, но процесс перехода индексации со старого домена на новый может затянуться. Дело в том, что индексация по двум доменам сразу приведет к тому, что один из доменов поисковики посчитают основным , а другой - зеркалом второстепенным.
Если выбрать настройку "Разрешать индексацию по обоим доменам", то автоматическое перенаправление и использование имени прикрепленного домена для изображений внутри материалов сразу ставить не нужно!!!
В первую очередь нужно прописать в robots.txt директиву Host: адрес сайта с новым доменом.
robots.txt при этом должен выглядеть следующим образом:

Далее нужно будет подождать пока Яндекс не проиндексирует ваш сайт с новым доменом и не определит новый домен как главный. Это можно проверить в аддурилке яндекса нужно вставить адрес сайта с новым доменом и получить подтверждение в виде:

Указанный URL уже проиндексирован.

Вот после этого вы можете смело включать настройки:
1. Автоматически перенаправлять со стандартного домена на прикрепленный
2. Использовать имя прикрепленного домена для изображений внутри материалов

Если при разрешении индексации по обоим доменам сразу поставить автоматическое перенаправление со старого сайта на новый, то проблем с Яндексом вам не избежать. Яндекс обязательно неправильно склеит домены, вам придется писать "Платонам", ждать следующего обхода роботом зеркальщиком...и все это на фоне полного отсутствия трафика посетителей с Яндекса, и это может затянуться.

После подключения настроек
Автоматически перенаправлять со стандартного домена на прикрепленный
Использовать имя прикрепленного домена для изображений внутри материалов
Google определит зеркало сайта в вебмастере: конфигурация сайта - настройки, где и можно будет указать основной домен.
Так же сайт с новым именем нужно будет добавить в вебмастер Яндекса и Google и подтвердить права. После этого можно опять сменить robots.txt, и он должен иметь уже окончательный вид: